Färnebofjärden är sedan länge känt som en värdefull våtmark. Därav har Sveriges regering både föreslagits att området ska ingå i Natura 2000 och anmält det till den sk RAMSAR-listan.

Färnebofjärden hyser flera av de skyddsvärda naturtyperna. Dit hör bl.a. områdets lövsumpskogar, myrar och orörda barrskogar. Hit hör också områdets alla vattendrag och ekskogarna längs med dessa. I Färnebofjärden häckar och rastar också flera av de listade fåglarna t ex storlom, fiskgjuse, tjäder samt flera ugglor och hackspettar. I området förekommer även den listade och i Europa hotade hårklomossan.

Vad innebär det att Färnebofjärden är
ett Natura 2000-område?
Sverige måste, liksom övriga medlemsländer, se till att nödvändiga bevarandeåtgärder vidtas i området så att naturtyperna och arterna upprätthålls i s.k. "Gynnsam bevarandestatus". Detta innebär lite förenklat att "ängen ska förbli äng" och att "naturskogen ska fortsätta att vara naturskog", och att arterna ska fortleva i livskraftiga bestånd.

I och med att området idag skyddas som Nationalpark hyser det fullgott skydd. För att arterna och naturtyperna ska uppnå "gynnsam bevarandestatus" kan det dock innebär vissa förändringar av områdets skötsel och förvaltning. Länsstyrelsen jobbar just nu med att utarbeta sk bevarandeplaner där riktlinjerna och mål för bevarandeåtgärderna slås fast.