Durchführung

Natura 2000 wird in drei Etappen durchgeführt:
In Etappe 1 schlagen die Mitgliedsländer der EU-Kommission die Gebiete vor, in denen die betroffenen Arten bzw. Naturtypen vorkommen.  

In Etappe 2 nimmt die EU-Kommission formell eine Liste von sogenannten Gemeinschaftsinteressen an, nach Beratung mit dem jeweiligen Land. 

In der abschließenden Etappe 3 soll das jeweilige Land die ausgesuchten Gebiete als besondere Erhaltungsgebiete bestimmen und anschließend alle Maßnahmen veranlassen, um die natürlichen Umgebungen und die Arten zu schützen, die der Grund für die Aufnahme in Natura 2000 sind. Diese Maßnahmen können sehr verschieden ausfallen und sind abhängig vom Schutzbedürfnis, wie z.B. Einstufung als Reservat, Landschaftsschutzgebiet oder in andere Schutzklassen. Unzureichende Schutzvorschriften in bereits vorhandenen Reservaten müssen eventuell neu definiert werden. In Schweden wird der Großteil der Gebiete durch das Umweltgesetz geschützt. 
Die Erforderlichkeit von u.A. Erhaltungs- und Schutzmaßnahmen werden in den gebietsspezifischen Erhaltungsplänen definiert.