Genomförande

Natura 2000 genomförs i 3 etapper:
I etapp 1 föreslår medlemsländerna till EU-kommissionen områden där de berörda arterna och/eller naturtyperna förekommer. 

I etapp 2 antar EU-kommissionen formellt en lista över områden av sk gemenskapsintresse, efter samråd med respektive medlemsland. 

I den avslutande etapp 3 ska respektive land utnämna områdena till sk särskilda bevarandeområden och därefter vidta de åtgärder som behövs för att bevara de naturtyper och arter som utgör grunden för områdenas utpekande till Natura 2000. Dessa bevarandeåtgärder kan vara av olika slag beroende på områdenas behov av skydd, t ex reservat, miljöstöd eller någon annan typ av avtal. Otillräckliga skötselföreskrifter i befintliga reservat kan behöva revideras. I Sverige kommer merparten av områdena att vara skyddade med stöd av miljöbalken. 

Behov av bland annat bevarandeåtgärder och skötsel skall redovisas i områdesspecifika bevarandeplaner.